Protéine

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Représentation schématique de la myoglobine. Cette protéine homologue de l'hémoglobine se lie au dioxygène au niveau des muscles. Elle est la première dont la structure est résolue par cristallographie et diffraction des rayons X par Max Perutz et John Kendrew. Une protéine, aussi appelée protide Remarque : Protide désigne aussi une des espèces du protium, une forme d’hydrogène. Voir , est une macromolécule composée par une ou plusi
Protéine

Représentation schématique de la myoglobine. Cette protéine homologue de l'hémoglobine se lie au dioxygène au niveau des muscles. Elle est la première dont la structure est résolue par cristallographie et diffraction des rayons X par Max Perutz et John Kendrew. Une protéine, aussi appelée protide Remarque : Protide désigne aussi une des espèces du protium, une forme d’hydrogène. Voir , est une macromolécule composée par une ou plusieurs chaîne(s) (ou séquence(s)) d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. En général, on parle de protéine lorsque la chaîne contient plus de 100 acides aminés. Dans le cas contraire, on parle de peptides et de polypeptides. Cet usage tend à disparaître au profit du terme petite protéine. L'enchaînement des acides aminés est codé par le génome et constitue la structure primaire.

Étymologie

Les protéines furent découvertes par le chimiste hollandais Gerhard Mulder (1802-1880). Le terme protéine vient du grec ancien prôtos qui signifie premier, essentiel. Ceci fait probablement référence au fait que les protéines sont indispensables à la vie et qu'elles constituent souvent la part majoritaire du poids sec des cellules. Une autre théorie, moins probable, voudrait que protéine fasse référence au dieu grec Protée qui pouvait changer de forme à volonté. Les protéines adoptent en effet de multiples formes et assurent de multiples fonctions. Mais ceci ne fut découvert que bien plus tard, au cours du .

Synthèse

Les protéines sont assemblées à partir des acides aminés en fonction de l'information présente dans les gènes. Leur synthèse se fait en deux étapes :
- La transcription où l'ADN codant le gène associé à la protéine est transcrit en ARN messager
- La traduction où l'ARN messager est traduit en protéine en fonction du code génétique L'assemblage d'une protéine se fait donc acide aminé par acide aminé de son extrémité N-terminale à son extrémité C-terminale. Il faut également bien noter qu'un gène n'est pas forcément associé à une seule protéine mais bien souvent à plusieurs.

Structure

Les protéines sont des objets moléculaires dont la description précise introduit la notion de structures (de manière plus ou moins hiérarchique). La fonction des protéines est conférée par leur structure tridimensionnelle aussi appelée structure tertiaire ou structure 3D., c'est-à-dire la manière dont les acides aminés sont agencés les uns par rapport aux autres dans l'espace. C'est la raison pour laquelle les méthodes de détermination des structures tridimensionnelles ainsi que les mesures de la dynamique des protéines sont importantes et constituent un champ de recherche très actif. En plus de ces méthodes expérimentales, de nombreuses études portent sur des méthodes informatiques de prédiction de la structure 3D à partir de la séquence.

Fonction

Les protéines remplissent des fonctions très diverses :
- Catalyse (ex. : de nombreuses enzymes - les catalyseurs biologiques - sont des protéines)
- Transport (ex. : l'hémoglobine transporte l'oxygène des poumons aux organes (voir figure 1))
- Communication (ex. : de nombreuses hormones - comme l'insuline - sont des protéines et peuvent transporter un message à travers tout l'organisme)
- Signalisation (ex. : des protéines sont impliquées dans le chimiotactisme)
- Reconnaissance (ex. : le système immunitaire possède des protéines spéciales - les immunoglobulines - qui permettent la reconnaissance moléculaire de formes « étrangères », c'est-à-dire n'appartenant pas aux formes moléculaires de l'organisme qui les fabrique)
- Structure (ex. : les protéines du cytosquelette permettent la consolidation et la mobilité des cellules, comme c'est le cas pour les flagelles bactériens)
- Etc. Les protéines peuvent être considérées comme les outils majeurs du monde vivant à l'échelle moléculaire.

Phénotype

Le plan de fabrication des protéines dépend donc en premier lieu du gène. Or les gènes ne sont pas identiques d'un individu à l'autre. Dans le cas de l'homme, chaque individu possède un génome bien à lui (nous ne sommes pas des clones). De plus, dans le cas des êtres vivants diploïdes, il existe deux exemplaires de chaque gène. Et ces deux exemplaires ne sont pas nécessairement identiques. Un gène existe donc en plusieurs versions d'un individu à l'autre et parfois chez un même individu. Ces différentes versions sont appelées allèles. L'ensemble des allèles d'un individu forme le génotype. Puisque les gènes existent en plusieurs versions, les protéines vont également exister en différentes versions. Ces différentes versions de protéines vont provoquer des différences d'un individu à l'autre : tel individu aura les yeux bleus mais tel autre aura les yeux noirs, etc. Ces caractéristiques, visibles ou non, propres à chaque individu sont appelées le phénotype. Chez un même individu, un groupe de protéines à séquence similaire et fonction identique est dit isoforme. Les isoformes peuvent être le résultat de l'épissage alternatif d'un même gène, l'expression de plusieurs allèles d'un gène, ou encore la présence de plusieurs gènes homologues dans le génome.

Évolution

Au cours de l'évolution, les accumulations de mutations ont fait diverger les gènes entre les espèces. De là provient la diversité des protéines qui leur sont associées. On peut toutefois définir des familles de protéines, elles-mêmes correspondant à des familles de gènes. Ainsi, deux espèces proches ont de fortes chances d'avoir des gènes, et par conséquent des protéines, très similaires. Cette similarité peut se mesurer en comparant la séquence des protéines. On peut ainsi classer un groupe de protéines par homologie, des plus semblables aux moins semblables. Ainsi, la fonction des protéines divergera au fur et à mesure que la similarité diminuera. L'analyse des séquences et des structures de protéine a permis de constater que beaucoup s'organisaient en domaines, c'est-à-dire en parties acquérant une structure et remplissant une fonction indépendamment du reste de la protéine. Selon la théorie des gènes mosaïques, l'existence de protéines à plusieurs domaines est le résultat de la recombinaison en gène unique de plusieurs gènes originellement individuels.

Alimentation

Dans l'alimentation, les protéines sont désagrégées durant la digestion à partir de l'estomac. C'est là que les protéines sont hydrolysées en protéoses et polypeptides pour fournir des acides aminés pour l'organisme, y compris ceux que l'organisme n'est pas capable de synthétiser. Le pepsinogène est converti en pepsine quand il arrive au contact avec l'acide chlorhydrique. La pepsine est la seule enzyme protéolytique qui digère le collagène, la principale protéine du tissu conjonctif. La plupart de la digestion des protéines a lieu dans le duodénum. Presque toutes les protéines sont absorbées quand elles arrivent dans le jéjunum et seulement 1% des protéines ingérées se retrouvent dans les fèces. Certains acides aminés restent dans les cellules épithéliales et sont utilisés pour la synthèse de nouvelles protéines, y compris certaines protéines intestinales, constamment digérées, recyclées et absorbées par l'intestin grêle.

Aliments riches en protéines


- Lait et produits laitiers (également riches en calcium et vitamine B)
- Viande, poisson, œuf (également riches en fer)
- Pain, pâtes, riz, légumes secs (soja, lentilles...), autres céréales (également riches en glucides, vitamine B, minéraux, fibres)

Bibliographie

- Lubert Stryer, Jeremy Mark Berg, John L. Tymoczko (trad. Serge Weinman), Biochimie, Flammarion, « Médecine-Sciences », Paris, 2003, 5 éd. .
- Carl-Ivar Brändén, John Tooze (trad. Bernard Lubochinsky, préf. Joël Janin), Introduction à la structure des protéines, De Boeck Université, Bruxelles, 1996 .

Notes et références

Voir aussi


- Acide aminé
- Biophysique
- Protéomique
- Aquaporine
- Peptide
- Hétéroprotéine
- Polypeptide
- Protéine de Rieske
- Transporteur lysosomal d'acide aminé
- Calcul réparti
- Folding@Home et son égal français Proteins@home
- Classes de protéines :
- Protéine fibreuse
- Protéine globulaire
- Protéinémie et Électrophorèse des protéines
- Structure des protéines
- Synthèse des protéines ==
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